少し、周りの様子見をしつつ特に問題になりそうなプラグインも無かったため、Wordpress 2.8.5から2.9へのアップデートを行いました。バックアップも行い、予備サイトも立てて用意周到に実行してみたら、simple tagsのみ問題が発生しました。
wordpress.orgで関連の情報を調べたところ、http://wordpress.org/support/topic/342645?replies=19でbgunninkさんが示した方法が一番簡単で、wp-content/plugins/simple-tags/simple-tags.phpの35行目付近のバージョンがハードコーディングされている部分の修正のみで、逃げることができました。
変更前
if ( strpos($wp_version, '2.7') !== false || strpos($wp_version, '2.8') !== false) {
変更後
if ( strpos($wp_version, '2.7') !== false || strpos($wp_version, '2.8') !== false || strpos($wp_version, '2.9') !== false ) {
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